국내 1호 베이비박스는 2009년 12월 서울 관악구 주사랑공동체교회에서 처음 제작되고 운영됐다. 이종락 주사랑공동체 목사는 "우리 교회가 오갈 데 없이 병원에 방치된 장애인 아동들을 보살핀다는 소문이 퍼지면서 사람들이 교회 주변에 영아를 갖다 놓기 시작했는데, 버려진 영아가 혹시 뒤늦게 발견되면 아이의 생명이 위태롭겠다는 생각이 들어 베이비박스를 만들기로 했다"며 배경을 설명했다.

아동인권위원회는 지난해 '베이비박스는 영아유기죄를 조장, 방조하는 위법한 공간에 불과하며

아동복지법이 정한 최소한의 신고요건도 갖추지 못한 불법시설'이라고 지적했다.

서울시 가정위탁지원센터는 "베이비박스의 경우 불법시설물이지만, 2016년 베이비박스에 맡겨지는 아동이 월평균 3명에서 7명으로 두 배 이상 증가하고 있는 실정"이라며 "베이비박스가 아동보호체계의 일부인 것으로 오해하고 아이들을 두고 간다"고 말했다.

반면 교회 측은 부모에게 아이를 다시 데려가도록 최대한 설득하기 때문에 방조나 조장은 아니라고 강조한다. 

교회 측은 또한 아이들의 부모와 상담을 하고, 아이를 직접 기르겠다고 할 경우 3년간 분유와 기저귀 등 각종 생활용품은 물론 생활비도 일부 지원한다.

주 목사는 "아이 엄마들이 오면 다 상담을 한다"며 "그럴 때 아이를 포기하지 말고 기르라고 설득하고, 기르겠다고 마음 먹는 엄마들이 아이를 양육 할 수 있도록 양육 용품과 생활비 지원 등을 통해 도움을 주고 있다"고 밝혔다. 

지원은 후원금을 통해 이뤄진다. 주 목사에 따르면 매달 평균 70여 명이 지원을 받는다.

보건복지부가 발표한 '2016 보건복지통계연보'에 따르면, 베이비박스를 이용해 아이를 유기하는 이용건수는 2012년 79건에서 2013년 252건으로 크게 늘었고 이후 2014년부터 작년까지 260~270건대(2016년 278건)로 나타났다.

주 목사는 베이비박스에 버려지는 영아를 줄이기 위해 "부모가 아이를 기를 수 있도록 사회적 편견이 제거되고 경제적인 지원이 있어야 한다"고 밝힌다.